Navigation – Plan du site
Les inventaires : documentation et outils

Une affaire de spécialistes ?

Marie-Françoise Faure et Laurent Charles

Résumé

Partant du travail d’inventaire et de documentation des collections zoologiques des muséums de Clermont-Ferrand et de Bordeaux, cette contribution montre comment l’assistance de naturalistes spécialisés dans ces domaines, et extérieurs aux établissements, est indispensable pour valider les données de biodiversité de ces collections et valoriser leur intérêt scientifique.

Haut de page

Texte intégral

1Inventorier une collection, c’est ranger, compter, étiqueter, lister, mais quand on est devant une collection scientifique de référence, c’est aussi étudier, documenter, réviser l’identification des spécimens. Les collections naturalistes ont en effet un intérêt pour l’étude de la biodiversité. Ce sont des archives du patrimoine naturel et leurs données sont précieuses pour la biohistoire des populations animales et végétales. Leur intérêt est d’autant plus pertinent que ces données intéressent la communauté scientifique, mais aussi les décideurs dans une vision globale de con­nais­sance et de protection de l’environnement. Témoins de l’évolution des écosystèmes, les collections natura­listes des muséums ont acquis ainsi depuis quelques années une utilité grandissante. Pour aller encore plus loin dans notre mission, la diffusion de ces données via Internet ou via la publication écrite est alors indispensable. L’aboutissement du travail effectué sur les collections naturalistes publiques est à ce moment là atteint. Mais pour arriver à ce terme, la connaissance scientifique est indispensable.

2Nous exposerons ici les démarches engagées sur les collections zoologiques des muséums de Clermont-Ferrand et Bordeaux principalement.

Le tiroir Olividae de la collection malacologique Henri-Lecoq provenant en partie de la collection Duclos.

Le tiroir Olividae de la collection malacologique Henri-Lecoq provenant en partie de la collection Duclos.

© Stéphane Vidal

Les besoins et la commande du muséum Henri-Lecoq de Clermont-Ferrand

3Au muséum Henri-Lecoq de Clermont-Ferrand, il a été tenté de concilier inventaires et documentation des col­lections afin d’avoir des données scientifiques fiables sur les collections. L’inventaire des collections a été engagé en 1997 pour la zoologie, la botanique et la géologie par le personnel scientifique du muséum ou des chargés de missions contractuels. Comme nombre de muséums de taille moyenne, son personnel scientifi­que n’est pas spécialiste de la totalité des diverses disci­plines naturalistes. S’il a des compétences dans certains domaines, il a besoin d’un appui scientifique dans d’au­tres. De plus, la mission de conservation et d’inventaire priorise la vision globale des collections et délaisse l’é­tu­de et la recherche documentaire sur les col­lections par manque de moyens humains compétents.

4Pour ces raisons, le muséum Henri-Lecoq fait appel à des naturalistes spécialistes des disciplines concernées pour réaliser des inventaires, valider les données, documenter des collections sur leur origine, sur l’identification et sur le statut des spécimens de référence. Sans ces validations et documentations, l’intérêt scientifique des collections des muséums ne peut être pleinement valorisé.

5Les associations naturalistes locales, partenaires du mu­séum, ainsi que des experts-naturalistes indépendants constituent un pool de scientifiques compétents susceptibles de réaliser ces missions complémentaires. Celles-ci ont pu être menées grâce à la subvention du ministère de l’Éducation nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, dédiée à l’inventaire et à la diffusion des don­nées de collections.

Les collections malacologiques

6À Clermont-Ferrand, la collection de mollusques compte environ 120 000 spécimens principalement réunis par Henri Lecoq au milieu du XIXe siècle. Plusieurs ensembles se distinguent et ont fait l’objet de missions d’études.

7La première d’entre-elles concerne la collection Duclos, importante collection constituée au début du XIXe siècle par ce malacologue qui a décrit de nombreuses espèces. Sa collection, achetée par Lecoq, con­tenait tous les « ty­pes » de ses espèces (Ducros de Saint-Germain, 1857), lui conférant un fort intérêt scien­tifique et patrimonial. Pour rechercher ce matériel de référence, le muséum de Clermont-Ferrand a fait appel à Laurent Charles qui menait alors des missions d’é­tudes et d’inventaires des collections malacologiques pour les musé­ums de Bordeaux et de Nantes. Plusieurs mois ont été consacrés à ce travail qui a permis d’identifier de nombreux « syntypes » (spécimens ayant servi à la des­cription d’une nouvelle espèce) et va prochainement voir la publication du ca­talogue de la collection.

Mollusques dulçaquicoles d’Auvergne de la collection Lecoq : Potomida littoralis (Cuvier, 1798), Limagne, 1849.

Mollusques dulçaquicoles d’Auvergne de la collection Lecoq : Potomida littoralis (Cuvier, 1798), Limagne, 1849.

© Stéphane Vidal

8La seconde étude consacrée à la collection malacologique s’appuie sur la bonne représentation des mollusques dulçaquicoles (vivant en eau douce) français avec une majorité de lots pourvus de données précises de collecte. Ceci a conduit le muséum de Clermont-Ferrand à intégrer le projet européen Biofresh recensant les données sur la biodiversité des eaux douces en Europe. L’inventaire est réalisé par une assistante de conservation naturaliste généraliste, mais il était nécessaire de réviser la taxonomie, la nomenclature des étiquettes datant de la première moitié du XIXe siècle. Pour cela, le muséum de Clermont-Ferrand a fait appel au seul malacologue auvergnat, Sylvain Vrignaud, susceptible de redéterminer cette collection. Les listes de spécimens, validées et enrichies de données actuelles, ont pu être publiées sur le portail GBIF (Global Biodiversity Information Facility). Parallèlement à ce travail d’identification et mettant en perspective ces données de collections, Sylvain Vrignaud a pu faire une synthèse sur l’évaluation du statut des Unionidae en Auvergne et mettre en évidence des al­térations ou des disparitions de zones humides régionales depuis le milieu du XIXe siècle.

Les collections entomologiques

9Toujours à Clermont-Ferrand, les collections entomo­logiques du muséum, riches de 260 000 spécimens, présentent un indéniable intérêt scientifique, rassemblant essentiellement des lépidoptères et des coléoptères collectés en Auvergne depuis la fin du XIXe siècle. Le personnel scientifique du muséum ne comptant pas d’entomologiste, l’inventaire de cette importante collection a débuté en 1998 grâce aux entomologistes du cabinet d’expertise de la Société d’Histoire naturelle Alcide d’Orbigny. Cette association naturaliste clermontoise, partenaire du muséum, a pour mission l’inventaire de la biodiversité, l’évaluation de l’intérêt pa­trimonial de zones naturelles et la diffusion des con-

10­­naissances naturalistes. Philippe Bachelard, lépidoptériste, Benjamin Calmont, coléoptériste et François Fournier, spécialiste des microlépidoptères, se sont ainsi partagé l’inventaire des collections, chacun travail­lant sur le groupe de sa spécialité. Pour chaque insecte, ses données de collecte (lieu précis, date de collecte et col­lecteur) sont relevées et une révision taxonomique ou une détermination, faisant appel à l’observation des genitalia si nécessaire, est menée par l’entomologiste, garantissant une donnée scientifique fiable.

Une boîte entomologique de la collection Barthélémy

Une boîte entomologique de la collection Barthélémy

© Stéphane Vidal

11En complément aux informations de la bibliographie ancienne, cet ensemble de données alimente la documentation historique sur la faune entomologique d’Au­vergne, participant à la compréhension de l’évolution des populations et des écosystèmes associés. L’analyse de toutes ces informations a contribué à l’élaboration de la Liste rouge régionale de deux groupes de papil­lons, les Rhopalocères et les Zygènes d’Auvergne, et a participé à la publication de guides régionaux (Fournier, 2013 ; Bachelard et Fournier, 2008).

12Une fois les validations scientifiques effectuées sur les collections entomologiques, nous avons réalisé en 2012 les premiers versements sur le portail GBIF et à ce jour, plus de 10 000 données de la collection Barthélémy (lé­pidoptères collectés de 1947 à 1998, principalement dans le Puy-de-Dôme et le Vaucluse) sont accessibles.

L’approche du spécialiste prestataire face à la diversité des collections

13Chaque discipline, chaque collection, présente ainsi des problématiques et des difficultés particulières, certaines récurrentes et transversales, d’autres plus spécifiques en lien avec la nature de la collection, son ancienneté, son origine ou la notoriété de son ancien propriétaire. Les partenaires spécialistes vont répon­dre à ces besoins de documentation variés et leur expertise, alliée à leur connaissance transversale des col­lections, fera fréquemment surgir de nouvelles pro­blématiques en cours d’étude. Les collections malacologiques dans les muséums sont nombreuses et numériquement importantes et les missions d’études menées dans les muséums de Bordeaux, Nantes et Clermont-Ferrand illustrent la diversité des appro­ches documentaires possibles, depuis la détermination et l’inventaire (à Bordeaux et Nantes) jusqu’à la recher­che des spécimens de référence (à Clermont-Ferrand et Bordeaux).

Détermination et inventaire

14À Bordeaux, l’inventaire de la collection Giuliardi, composée de coquilles de l’Océan Indien, a nécessité le tri et la détermination des espèces. Cette collection étant bien définie géographiquement et les espèces classiques pour la région, le champ des recherches bibliographiques a été limité, facilitant la détermination. Les provenances sont trop imprécises pour un ver­se­ment en base de données de biodiversité mais cet in­ventaire est utile pour un usage muséographique de cette collection.

15Une situation un peu différente est rencontrée à Nantes avec la collection Chaillou, collection généraliste cons­tituée au début du XXe siècle, comprenant des mollus­ques de toutes les régions du monde, terrestres et ma­rins. Le champ couvert est donc très vaste mais la plupart des lots sont déterminés. La documentation a donc consisté à vérifier l’adéquation entre étiquettes et spécimens, corrigeant si possible les mélanges, et à valider ou à actualiser des déterminations anciennes pour lesquelles la nomenclature était désuète. Ce travail a été aussi l’occasion de mettre en évidence les spécimens remarquables, espèces rares, menacées, réglementées ou inscrites sur la liste rouge de l’UICN (Union Internationale pour la Conservation de la Nature).

Documentation des spécimens de référence

16Aujourd’hui, la recommandation 72D du Code International de Nomenclature Zoologique précise que ce que nous qualifions de manière générique de « types », soit les « holotypes », « syntypes », « hapantotypes », « lec­totypes » et « néotypes » « devraient être étiquetés d’une manière qui indique sans ambigüité leur statut » (Com­mission Internationale de Nomenclature Zoologique, 1999). Pour les collections anciennes, l’importance des « types » est très vite apparue, mais ce statut n’a pas été systématiquement reporté sur les spécimens ou leurs étiquet­tes, qui peuvent avoir été modifiées, déplacées voire perdues.

Mélibée, Coenonympha hero (Linnaeus, 1761), Randan (63), 3/06/1969. Espèce disparue au niveau régional (Liste rouge région Auvergne).

Mélibée, Coenonympha hero (Linnaeus, 1761), Randan (63), 3/06/1969. Espèce disparue au niveau régional (Liste rouge région Auvergne).

© Philippe Bachelard

17À Clermont-Ferrand, il s’est avéré au cours de l’inventaire rétrospectif qu’aucun spécimen ni lot n’était marqué comme type de la collection Duclos et qu’aucune étiquette d’origine n’était présente, les spécimens ayant été réorganisés, redéterminés et ré-étiquetés par Ducros de Saint-Germain, collaborateur de Lecoq. De­vant ce constat, les perspectives d’identification des « types » de Duclos semblaient minces, au moment d’entamer cette mission.

18L’absence d’étiquette originale et d’indices évidents sur les étiquettes actuelles, nous a conduits à une appro­che bibliographique. Duclos n’a pas désigné de spécimen de référence pour ses nouvelles espèces, mais a figuré chacune avec au moins un spécimen, en faisant des « syntypes » figurés. Le travail de comparaison des spécimens, espèce après espèce, individu par individu, a permis de reconnaître sur les planches plusieurs dizaines de coquilles. Celles-ci, parfaitement identifiables par de multiples détails morphologiques et d’or­nementation, comprennent des « syntypes » figurés, mais également des figurés sans statut, que nous pouvons à présent attester comme issus de la collection Duclos. Certes l’intégralité de ce qu’était la collection Du­clos n’a pu être reconstituée mais le muséum Henri-Lecoq possède actuellement pour de nombreux lots un ensemble d’arguments pour attester de cette origine.

19Les spécimens de référence comprennent également les spécimens sur lesquels s’appuient des publications ou des notes naturalistes. Localiser dans les collections le spécimen à l’origine d’une citation permet de s’assurer de la donnée et d’en tirer de nouveaux enseigne­ments (Charles, 2012). Ces données s’intè­grent alors au cortège des données biohistoriques des collections.

20Au muséum de Bordeaux, l’inventaire rétrospectif à été accompagné de la documentation de la collection Montrouzier, riche de nombreux « syntypes » de mollusques de Nouvelle-Calédonie. Le récolement actuel­lement en cours est aussi l’occasion d’identifier de nouveaux spécimens de référence, dont des « syntypes » d’origines diverses, inclus dans la collection générale de malacologie.

Oliva erythrostoma ( = O. miniacea) figurée par Duclos (1835 : pl. 13 fig. 4) et le spécimen (au centre du portoir) de la collection Lecoq.

Oliva erythrostoma ( = O. miniacea) figurée par Duclos (1835 : pl. 13 fig. 4) et le spécimen (au centre du portoir) de la collection Lecoq.

© Stéphane Vidal

Un travail collaboratif enrichissant

21La valorisation des données de biodiversité des collections des muséums est une des missions assignées aux muséums d’Histoire naturelle. Celle-ci passe par la publication de catalogues et de listes de collections, dont celle des types porte-noms ainsi que par les versements dans les bases de données de biodiversité telles le GBIF, l’INPN, Trans’TyfiPal, e-ReColNat... Toutefois, les seules compétences en interne ne suffisent souvent pas à aborder l’ensemble de la diversité des groupes zoologiques ou botaniques, et de la diversité de nos collections. L’assistance de naturalistes spécialisés devient nécessaire pour mener à bien le travail de documentation des collections de référence qui nécessite une connaissance approfondie d’un groupe, permettant de mener le travail de détermination spécifique et de documentation historique sur les types et les spécimens cités de la littérature.

22Lorsque des missions sont menées dans plusieurs éta­blissements, cela permet d’élargir le spectre des cas de figures rencontrés, de multiplier les observations de spécimens et d’acquérir une vision transversale sur les collections, les collectionneurs et les problématiques de documentation. Ceci concourt à un enrichissement de l’expertise qui sera employé aux croisements et recoupements d’informations au fil des missions, permettant de progresser dans la documentation et con­tribuant à la valorisation des spécimens et des col­lec­-tions. Le travail mené sur les collections de mollusques à Cler­mont-Ferrand, Nantes et Bordeaux s’inscrit dans cette démarche tout comme les missions menées sur les herbiers des muséums de Clermont-Ferrand, de Nantes et de Bourges par Franck Maddi et sur les collections de pétrographie par Alain Pavanello, actuellement à Bordeaux après avoir travaillé sur les col­lections des muséums d’Aix-en-Provence et d’Avignon.

23Le travail des spécialistes permet d’appréhender pleinement le potentiel scientifique de nos collections et d’en livrer des données exploitables à ce titre par leur publication.

Haut de page

Bibliographie

Bachelard, P. et Fournier, F. Papillons du Puy-de-Dôme. Nohanent : Éditions Revoir, 2008, 232 p.

Charles, L. Redécouverte de Pagodulina pagodula (Des Moulins, 1830) (Gastropoda, Orculidae) dans le Puy-de-Dôme (Auvergne, France), MalaCo, n° 8, 2012, pp. 420-427.

Commission Internationale de Nomenclature Zoologique. Code International de Nomenclature Zoologique, 4e édition. The International Trust for Zoological Nomenclature, Londres, 1999, 175 p.

Duclos, P.-L. Histoire naturelle générale et particulière de tous les genres de coquilles univalves marines à l’état vivant et fossile publiée par monographies. Genre Olive. Paris : Didot, 1835, 4 p. + 35 pl.

Ducros de Saint-Germain, A.-M.-P. Revue critique du genre Oliva Bruguière. Clermont-Ferrand : Thibaud, 1857, 120 p.

Fournier F. Guide des papillons d’Auvergne. Nohanent : Éditions Revoir, 2013, 246 p.

Données publiées sur le portail Gbif : http://www.gbif.fr/?page_id=179

Haut de page

Table des illustrations

Titre Le tiroir Olividae de la collection malacologique Henri-Lecoq provenant en partie de la collection Duclos.
Crédits © Stéphane Vidal
URL http://ocim.revues.org/docannexe/image/1372/img-1.jpg
Fichier image/jpeg, 32k
Titre Mollusques dulçaquicoles d’Auvergne de la collection Lecoq : Potomida littoralis (Cuvier, 1798), Limagne, 1849.
Crédits © Stéphane Vidal
URL http://ocim.revues.org/docannexe/image/1372/img-2.jpg
Fichier image/jpeg, 36k
Titre Une boîte entomologique de la collection Barthélémy
Crédits © Stéphane Vidal
URL http://ocim.revues.org/docannexe/image/1372/img-3.jpg
Fichier image/jpeg, 52k
Titre Mélibée, Coenonympha hero (Linnaeus, 1761), Randan (63), 3/06/1969. Espèce disparue au niveau régional (Liste rouge région Auvergne).
Crédits © Philippe Bachelard
URL http://ocim.revues.org/docannexe/image/1372/img-4.jpg
Fichier image/jpeg, 28k
Titre Oliva erythrostoma ( = O. miniacea) figurée par Duclos (1835 : pl. 13 fig. 4) et le spécimen (au centre du portoir) de la collection Lecoq.
URL http://ocim.revues.org/docannexe/image/1372/img-5.jpg
Fichier image/jpeg, 32k
Crédits © Stéphane Vidal
URL http://ocim.revues.org/docannexe/image/1372/img-6.jpg
Fichier image/jpeg, 21k
Haut de page

Pour citer cet article

Référence électronique

Marie-Françoise Faure et Laurent Charles, « Une affaire de spécialistes ? », La Lettre de l’OCIM [En ligne], 153 | 2014, mis en ligne le 25 juin 2016, consulté le 30 mai 2017. URL : http://ocim.revues.org/1372 ; DOI : 10.4000/ocim.1372

Haut de page

Auteur

Marie-Françoise Faure et Laurent Charles

Marie-Françoise Faure est directrice adjointe du muséum Henri-Lecoq de Clermont-Ferrand, responsable des collections zoologiques
mffaure@ville-clermont-ferrand.fr
Laurent Charles est chargé des collections de mollusques au muséum d’Histoire naturelle de Bordeaux
1.charles@mairie-bordeaux.fr

Haut de page

Droits d’auteur

Tous droits réservés

Haut de page
  • Logo Office de Coopération et d’Information Muséales
  • Les cahiers de Revues.org