1Inventorier une collection, c’est ranger, compter, étiqueter, lister, mais quand on est devant une collection scientifique de référence, c’est aussi étudier, documenter, réviser l’identification des spécimens. Les collections naturalistes ont en effet un intérêt pour l’étude de la biodiversité. Ce sont des archives du patrimoine naturel et leurs données sont précieuses pour la biohistoire des populations animales et végétales. Leur intérêt est d’autant plus pertinent que ces données intéressent la communauté scientifique, mais aussi les décideurs dans une vision globale de connaissance et de protection de l’environnement. Témoins de l’évolution des écosystèmes, les collections naturalistes des muséums ont acquis ainsi depuis quelques années une utilité grandissante. Pour aller encore plus loin dans notre mission, la diffusion de ces données via Internet ou via la publication écrite est alors indispensable. L’aboutissement du travail effectué sur les collections naturalistes publiques est à ce moment là atteint. Mais pour arriver à ce terme, la connaissance scientifique est indispensable.
2Nous exposerons ici les démarches engagées sur les collections zoologiques des muséums de Clermont-Ferrand et Bordeaux principalement.
Le tiroir Olividae de la collection malacologique Henri-Lecoq provenant en partie de la collection Duclos.
© Stéphane Vidal
3Au muséum Henri-Lecoq de Clermont-Ferrand, il a été tenté de concilier inventaires et documentation des collections afin d’avoir des données scientifiques fiables sur les collections. L’inventaire des collections a été engagé en 1997 pour la zoologie, la botanique et la géologie par le personnel scientifique du muséum ou des chargés de missions contractuels. Comme nombre de muséums de taille moyenne, son personnel scientifique n’est pas spécialiste de la totalité des diverses disciplines naturalistes. S’il a des compétences dans certains domaines, il a besoin d’un appui scientifique dans d’autres. De plus, la mission de conservation et d’inventaire priorise la vision globale des collections et délaisse l’étude et la recherche documentaire sur les collections par manque de moyens humains compétents.
4Pour ces raisons, le muséum Henri-Lecoq fait appel à des naturalistes spécialistes des disciplines concernées pour réaliser des inventaires, valider les données, documenter des collections sur leur origine, sur l’identification et sur le statut des spécimens de référence. Sans ces validations et documentations, l’intérêt scientifique des collections des muséums ne peut être pleinement valorisé.
5Les associations naturalistes locales, partenaires du muséum, ainsi que des experts-naturalistes indépendants constituent un pool de scientifiques compétents susceptibles de réaliser ces missions complémentaires. Celles-ci ont pu être menées grâce à la subvention du ministère de l’Éducation nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, dédiée à l’inventaire et à la diffusion des données de collections.
6À Clermont-Ferrand, la collection de mollusques compte environ 120 000 spécimens principalement réunis par Henri Lecoq au milieu du XIXe siècle. Plusieurs ensembles se distinguent et ont fait l’objet de missions d’études.
7La première d’entre-elles concerne la collection Duclos, importante collection constituée au début du XIXe siècle par ce malacologue qui a décrit de nombreuses espèces. Sa collection, achetée par Lecoq, contenait tous les « types » de ses espèces (Ducros de Saint-Germain, 1857), lui conférant un fort intérêt scientifique et patrimonial. Pour rechercher ce matériel de référence, le muséum de Clermont-Ferrand a fait appel à Laurent Charles qui menait alors des missions d’études et d’inventaires des collections malacologiques pour les muséums de Bordeaux et de Nantes. Plusieurs mois ont été consacrés à ce travail qui a permis d’identifier de nombreux « syntypes » (spécimens ayant servi à la description d’une nouvelle espèce) et va prochainement voir la publication du catalogue de la collection.
Mollusques dulçaquicoles d’Auvergne de la collection Lecoq : Potomida littoralis (Cuvier, 1798), Limagne, 1849.
© Stéphane Vidal
8La seconde étude consacrée à la collection malacologique s’appuie sur la bonne représentation des mollusques dulçaquicoles (vivant en eau douce) français avec une majorité de lots pourvus de données précises de collecte. Ceci a conduit le muséum de Clermont-Ferrand à intégrer le projet européen Biofresh recensant les données sur la biodiversité des eaux douces en Europe. L’inventaire est réalisé par une assistante de conservation naturaliste généraliste, mais il était nécessaire de réviser la taxonomie, la nomenclature des étiquettes datant de la première moitié du XIXe siècle. Pour cela, le muséum de Clermont-Ferrand a fait appel au seul malacologue auvergnat, Sylvain Vrignaud, susceptible de redéterminer cette collection. Les listes de spécimens, validées et enrichies de données actuelles, ont pu être publiées sur le portail GBIF (Global Biodiversity Information Facility). Parallèlement à ce travail d’identification et mettant en perspective ces données de collections, Sylvain Vrignaud a pu faire une synthèse sur l’évaluation du statut des Unionidae en Auvergne et mettre en évidence des altérations ou des disparitions de zones humides régionales depuis le milieu du XIXe siècle.
9Toujours à Clermont-Ferrand, les collections entomologiques du muséum, riches de 260 000 spécimens, présentent un indéniable intérêt scientifique, rassemblant essentiellement des lépidoptères et des coléoptères collectés en Auvergne depuis la fin du XIXe siècle. Le personnel scientifique du muséum ne comptant pas d’entomologiste, l’inventaire de cette importante collection a débuté en 1998 grâce aux entomologistes du cabinet d’expertise de la Société d’Histoire naturelle Alcide d’Orbigny. Cette association naturaliste clermontoise, partenaire du muséum, a pour mission l’inventaire de la biodiversité, l’évaluation de l’intérêt patrimonial de zones naturelles et la diffusion des con-
10naissances naturalistes. Philippe Bachelard, lépidoptériste, Benjamin Calmont, coléoptériste et François Fournier, spécialiste des microlépidoptères, se sont ainsi partagé l’inventaire des collections, chacun travaillant sur le groupe de sa spécialité. Pour chaque insecte, ses données de collecte (lieu précis, date de collecte et collecteur) sont relevées et une révision taxonomique ou une détermination, faisant appel à l’observation des genitalia si nécessaire, est menée par l’entomologiste, garantissant une donnée scientifique fiable.
Une boîte entomologique de la collection Barthélémy
© Stéphane Vidal
11En complément aux informations de la bibliographie ancienne, cet ensemble de données alimente la documentation historique sur la faune entomologique d’Auvergne, participant à la compréhension de l’évolution des populations et des écosystèmes associés. L’analyse de toutes ces informations a contribué à l’élaboration de la Liste rouge régionale de deux groupes de papillons, les Rhopalocères et les Zygènes d’Auvergne, et a participé à la publication de guides régionaux (Fournier, 2013 ; Bachelard et Fournier, 2008).
12Une fois les validations scientifiques effectuées sur les collections entomologiques, nous avons réalisé en 2012 les premiers versements sur le portail GBIF et à ce jour, plus de 10 000 données de la collection Barthélémy (lépidoptères collectés de 1947 à 1998, principalement dans le Puy-de-Dôme et le Vaucluse) sont accessibles.
13Chaque discipline, chaque collection, présente ainsi des problématiques et des difficultés particulières, certaines récurrentes et transversales, d’autres plus spécifiques en lien avec la nature de la collection, son ancienneté, son origine ou la notoriété de son ancien propriétaire. Les partenaires spécialistes vont répondre à ces besoins de documentation variés et leur expertise, alliée à leur connaissance transversale des collections, fera fréquemment surgir de nouvelles problématiques en cours d’étude. Les collections malacologiques dans les muséums sont nombreuses et numériquement importantes et les missions d’études menées dans les muséums de Bordeaux, Nantes et Clermont-Ferrand illustrent la diversité des approches documentaires possibles, depuis la détermination et l’inventaire (à Bordeaux et Nantes) jusqu’à la recherche des spécimens de référence (à Clermont-Ferrand et Bordeaux).
14À Bordeaux, l’inventaire de la collection Giuliardi, composée de coquilles de l’Océan Indien, a nécessité le tri et la détermination des espèces. Cette collection étant bien définie géographiquement et les espèces classiques pour la région, le champ des recherches bibliographiques a été limité, facilitant la détermination. Les provenances sont trop imprécises pour un versement en base de données de biodiversité mais cet inventaire est utile pour un usage muséographique de cette collection.
15Une situation un peu différente est rencontrée à Nantes avec la collection Chaillou, collection généraliste constituée au début du XXe siècle, comprenant des mollusques de toutes les régions du monde, terrestres et marins. Le champ couvert est donc très vaste mais la plupart des lots sont déterminés. La documentation a donc consisté à vérifier l’adéquation entre étiquettes et spécimens, corrigeant si possible les mélanges, et à valider ou à actualiser des déterminations anciennes pour lesquelles la nomenclature était désuète. Ce travail a été aussi l’occasion de mettre en évidence les spécimens remarquables, espèces rares, menacées, réglementées ou inscrites sur la liste rouge de l’UICN (Union Internationale pour la Conservation de la Nature).
16Aujourd’hui, la recommandation 72D du Code International de Nomenclature Zoologique précise que ce que nous qualifions de manière générique de « types », soit les « holotypes », « syntypes », « hapantotypes », « lectotypes » et « néotypes » « devraient être étiquetés d’une manière qui indique sans ambigüité leur statut » (Commission Internationale de Nomenclature Zoologique, 1999). Pour les collections anciennes, l’importance des « types » est très vite apparue, mais ce statut n’a pas été systématiquement reporté sur les spécimens ou leurs étiquettes, qui peuvent avoir été modifiées, déplacées voire perdues.
Mélibée, Coenonympha hero (Linnaeus, 1761), Randan (63), 3/06/1969. Espèce disparue au niveau régional (Liste rouge région Auvergne).
© Philippe Bachelard
17À Clermont-Ferrand, il s’est avéré au cours de l’inventaire rétrospectif qu’aucun spécimen ni lot n’était marqué comme type de la collection Duclos et qu’aucune étiquette d’origine n’était présente, les spécimens ayant été réorganisés, redéterminés et ré-étiquetés par Ducros de Saint-Germain, collaborateur de Lecoq. Devant ce constat, les perspectives d’identification des « types » de Duclos semblaient minces, au moment d’entamer cette mission.
18L’absence d’étiquette originale et d’indices évidents sur les étiquettes actuelles, nous a conduits à une approche bibliographique. Duclos n’a pas désigné de spécimen de référence pour ses nouvelles espèces, mais a figuré chacune avec au moins un spécimen, en faisant des « syntypes » figurés. Le travail de comparaison des spécimens, espèce après espèce, individu par individu, a permis de reconnaître sur les planches plusieurs dizaines de coquilles. Celles-ci, parfaitement identifiables par de multiples détails morphologiques et d’ornementation, comprennent des « syntypes » figurés, mais également des figurés sans statut, que nous pouvons à présent attester comme issus de la collection Duclos. Certes l’intégralité de ce qu’était la collection Duclos n’a pu être reconstituée mais le muséum Henri-Lecoq possède actuellement pour de nombreux lots un ensemble d’arguments pour attester de cette origine.
19Les spécimens de référence comprennent également les spécimens sur lesquels s’appuient des publications ou des notes naturalistes. Localiser dans les collections le spécimen à l’origine d’une citation permet de s’assurer de la donnée et d’en tirer de nouveaux enseignements (Charles, 2012). Ces données s’intègrent alors au cortège des données biohistoriques des collections.
20Au muséum de Bordeaux, l’inventaire rétrospectif à été accompagné de la documentation de la collection Montrouzier, riche de nombreux « syntypes » de mollusques de Nouvelle-Calédonie. Le récolement actuellement en cours est aussi l’occasion d’identifier de nouveaux spécimens de référence, dont des « syntypes » d’origines diverses, inclus dans la collection générale de malacologie.
Oliva erythrostoma ( = O. miniacea) figurée par Duclos (1835 : pl. 13 fig. 4) et le spécimen (au centre du portoir) de la collection Lecoq.
© Stéphane Vidal
21La valorisation des données de biodiversité des collections des muséums est une des missions assignées aux muséums d’Histoire naturelle. Celle-ci passe par la publication de catalogues et de listes de collections, dont celle des types porte-noms ainsi que par les versements dans les bases de données de biodiversité telles le GBIF, l’INPN, Trans’TyfiPal, e-ReColNat... Toutefois, les seules compétences en interne ne suffisent souvent pas à aborder l’ensemble de la diversité des groupes zoologiques ou botaniques, et de la diversité de nos collections. L’assistance de naturalistes spécialisés devient nécessaire pour mener à bien le travail de documentation des collections de référence qui nécessite une connaissance approfondie d’un groupe, permettant de mener le travail de détermination spécifique et de documentation historique sur les types et les spécimens cités de la littérature.
22Lorsque des missions sont menées dans plusieurs établissements, cela permet d’élargir le spectre des cas de figures rencontrés, de multiplier les observations de spécimens et d’acquérir une vision transversale sur les collections, les collectionneurs et les problématiques de documentation. Ceci concourt à un enrichissement de l’expertise qui sera employé aux croisements et recoupements d’informations au fil des missions, permettant de progresser dans la documentation et contribuant à la valorisation des spécimens et des collec-tions. Le travail mené sur les collections de mollusques à Clermont-Ferrand, Nantes et Bordeaux s’inscrit dans cette démarche tout comme les missions menées sur les herbiers des muséums de Clermont-Ferrand, de Nantes et de Bourges par Franck Maddi et sur les collections de pétrographie par Alain Pavanello, actuellement à Bordeaux après avoir travaillé sur les collections des muséums d’Aix-en-Provence et d’Avignon.
23Le travail des spécialistes permet d’appréhender pleinement le potentiel scientifique de nos collections et d’en livrer des données exploitables à ce titre par leur publication.